מנהרת הכותל (עברית: מנהרת הכותל, תעתיק: Minharat Hakotel) היא מנהרה החושפת את הכותל המערבי מהיכן שמסתיים אתר התפילה המסורתי הפתוח ועד לקצה הצפוני של הכותל. רוב המנהרה היא המשך של הכותל המערבי הפתוח והיא ממוקמת מתחת לבניינים של הרובע המוסלמי בעיר העתיקה של ירושלים. בעוד שהחלק הפתוח של הכותל המערבי הוא באורך של כ-60 מטרים (200 רגל), רוב אורכו המקורי של 488 מטרים (1,601 רגל) מוסתר מתחת לאדמה. המנהרה מאפשרת גישה לשאר הכותל בכיוון צפוני. המנהרה מחוברת למספר חללים תת-קרקעיים חפורים סמוכים, רבים מהם ניתן לבקר יחד עם המנהרה הראשית. מסיבה זו, לעיתים משתמשים בצורת הרבים, מנהרות הכותל.

היסטוריה בשנת 19 לפנה"ס, המלך הורדוס יזם פרויקט להכפיל את שטח הר הבית בירושלים על ידי שילוב חלק מהגבעה בצפון-מערב. לשם כך נבנו ארבעה קירות תומכים, והר הבית הורחב על גביהם. קירות התומכים הללו נותרו עומדים, יחד עם הרציף עצמו, לאחר שהמקדש נהרס על ידי הרומאים בשנת 70 לספירה. מאז, חלק ניכר מהאזור ליד הקירות הפך מכוסה ונבנה עליו. חלק מהכותל המערבי נותר חשוף לאחר חורבן המקדש. מכיוון שהיה זה האזור הקרוב ביותר לקודש הקודשים של המקדש שנותר נגיש, הוא הפך למקום תפילה יהודי במשך אלפי שנים.

מסלול החפירה של מנהרת הכותל חוקרים בריטים החלו לחפור את הכותל המערבי באמצע המאה ה-19. צ'ארלס וילסון החל בחפירות בשנת 1864 ואחריו צ'ארלס וורן בשנים 1867–70. וילסון גילה קשת שכיום נקראת על שמו, "קשת וילסון", שהייתה ברוחב של 12.8 מטרים (42 רגל) ונמצאת מעל פני הקרקע של היום. מאמינים שהקשת תמכה בגשר שחיבר את הר הבית לעיר בתקופת בית שני. וורן חפר פירים דרך קשת וילסון שעדיין נראים היום. לאחר מלחמת ששת הימים, משרד הדתות של ישראל החל בחפירות שמטרתן הייתה לחשוף את המשך הכותל המערבי. החפירות נמשכו כמעט עשרים שנה וחשפו עובדות רבות שלא היו ידועות על ההיסטוריה והגיאוגרפיה של הר הבית. החפירות היו קשות לביצוע, שכן המנהרות עברו מתחת לשכונות מגורים שנבנו על גבי מבנים עתיקים מתקופת בית שני. החפירות בוצעו בפיקוח מומחים מדעיים ורבניים. זאת כדי להבטיח הן את יציבות המבנים מעל והן למנוע נזק לממצאים ההיסטוריים. בשנת 1988 הוקמה קרן מורשת הכותל המערבי, והיא לקחה על עצמה את החפירה, התחזוקה והשיפוצים של הכותל המערבי ורחבת הכותל.

המנהרה חושפת 300 מטרים מאורכו הכולל של הכותל, 445 מטרים, וחושפת את שיטות הבנייה והפעילויות השונות בסביבת הר הבית. החפירות כללו ממצאים ארכיאולוגיים רבים לאורך הדרך, כולל תגליות מתקופת הורדוס (רחובות, בנייה מונומנטלית), קטעים משחזור של הכותל המערבי מתקופת אומיה, ומבנים שונים מתקופת איוביד, ממלוכית וחשמונאית שנבנו לתמוך במבנים בסביבת הר הבית.

"שער וורן" נמצא כ-150 רגל (46 מטרים) לתוך המנהרה. הכניסה הסגורה הזו הייתה במשך מאות שנים בית כנסת קטן שנקרא "המערה", שם המוסלמים הראשונים אפשרו ליהודים להתפלל בקרבת חורבות המקדש. הרב יהודה גץ בנה בית כנסת ממש מחוץ לשער, מכיוון שהיום זהו הנקודה הקרובה ביותר שבה יהודי יכול להתפלל קרוב לקודש הקודשים, בהנחה שהוא היה ממוקם באתר המסורתי מתחת לכיפת הסלע.

מעבר לקצה הצפוני של הכותל המערבי, נמצאו שרידים של תעלת מים שסיפקה במקור מים להר הבית. מקור התעלה המדויק אינו ידוע, אם כי היא עוברת דרך בריכה תת-קרקעית המכונה "בריכת סטרותיון". תעלת המים תוארכה לתקופת החשמונאים ולפיכך כונתה "תעלת החשמונאים".

האבן הגדולה ביותר בכותל המערבי, המכונה לעיתים "האבן המערבית", נחשפת גם בתוך המנהרה, ונחשבת לאחד האובייקטים הכבדים ביותר שהורמו אי פעם על ידי בני אדם ללא מכונות ממונעות. אורך האבן הוא 13.6 מטרים (45 רגל), גובהה 3 מטרים (9.8 רגל), ורוחבה המוערך בין 3.5 מטרים (11 רגל) ל-4.5 מטרים (15 רגל); הערכות מציבות את משקלה ב-570 טונות קצרות (520 טונות מטריות).

סמוך למנהרה נמצאים שרידים מתקופת בית שני, הצלבנים והמבנים הממלוכים. בחדרים המשוחזרים יצרה קרן הכותל המערבי את מרכז שרשרת הדורות, מוזיאון להיסטוריה יהודית שתוכנן על ידי אליאב נהליאלי וכולל מופע אור-קולי ותשעה פסלי זכוכית שנוצרו על ידי אמן הזכוכית ג'רמי לנגפורד.

בשנת 2007, רשות העתיקות של ישראל חשפה רחוב רומי עתיק שנחשב מהמאות השנייה עד הרביעית. זה היה רחוב צדדי שחיבר כנראה בין שני רחובות ראשיים, והוביל להר הבית. גילוי הדרך נתן עדות נוספת לכך שהרומאים המשיכו להשתמש בהר הבית לאחר חורבן המקדש בשנת 70 לספירה. החפירות באתר נמשכו עד 2014, בהובלת הארכיאולוגים פיטר גנדלמן ואורטל חלף מטעם רשות העתיקות של ישראל (IAA).

בריכת סטרותיון (לעיתים מתוארת כבריכות סטרותיון, ברבים), היא מאגר מים גדול בצורת קוביה, שאסף את מי הגשם מהמרזבים על מבני הפורום. לפני אדריאנוס, מאגר זה היה בריכה פתוחה, אך אדריאנוס הוסיף קשתות כדי לאפשר להניח את המרצפות מעליה. קיומה של הבריכה במאה הראשונה מאושרת על ידי יוספוס, שמדווח שהיא נקראה "סטרותיוס" (דרור). בריכת סטרותיון זו נבנתה במקור כחלק מתעלת מים פתוחה על ידי החשמונאים, ומאז נסגרה; מקור המים לתעלה זו אינו מזוהה כיום.

כתוצאה מהרחבות שנעשו בשנת 1971 למנהרת הכותל המקורית, מערכת המים החשמונאית, שעוברת מתחת לדיור ערבי, הפכה מקושרת לסוף מנהרת הכותל, ונפתחה מאוחר יותר כאטרקציה תיירותית. המסלול עובר בקו ישר שמתחיל ברחבת הכותל ועובר דרך המנהרות המודרניות ומערכת המים העתיקה, ומסתיים בבריכת סטרותיון. אחיות ציון אינן מאפשרות לתיירים לצאת למנזר בבריכת סטרותיון, כך שהתיירים חוזרים דרך המנהרות הצרות לנקודת ההתחלה, אם כי זה יוצר בעיות לוגיסטיות מסוימות.

במקור, המבקרים היו צריכים לחזור על עקבותיהם חזרה לכניסה. נוצר חיבור למערכת המים החשמונאית, אך זה עדיין דרש מהם לבצע סיבוב פרסה לאחר שהגיעו לבריכת סטרותיון. הוצע לחפור יציאה חלופית מהמנהרה, אך בתחילה נדחתה על בסיס שכל יציאה תיראה כניסיון של הרשויות היהודיות לתבוע בעלות על הקרקע הסמוכה - חלק מהרובע המוסלמי של העיר. עם זאת, בשנת 1996, בנימין נתניהו אישר יצירת יציאה המובילה אל הוויה דולורוזה, מתחת למדראסת אום-אריה. בשבועות שלאחר מכן, 80 אנשים נהרגו כתוצאה מהמהומות נגד יצירת היציאה. קיר מודרני מחלק את בריכת סטרותיון לשני חלקים, ומונע גישה ביניהם. צד אחד נראה ממנהרות הכותל המערבי, והאזור השני נגיש ממנזר אחיות ציון. מאז, ניתן למספר רב של תיירים להיכנס לכניסה הדרומית של המנהרה ליד הכותל המערבי, ללכת לאורך המנהרה עם מדריך תיירים, ולצאת מהקצה הצפוני. יציאה זו פתוחה רק בשעות היום, בשל חששות ביטחוניים מתמשכים.