מנהרת הכותל (באנגלית: Western Wall Tunnel) היא מנהרה החושפת את הכותל המערבי מהנקודה שבה מסתיים אתר התפילה המסורתי הפתוח ועד לקצה הצפוני של הכותל. רוב המנהרה היא המשך של הכותל המערבי הפתוח והיא ממוקמת מתחת למבנים של הרובע המוסלמי בעיר העתיקה של ירושלים. בעוד שחלקו הפתוח של הכותל המערבי הוא באורך של כ-60 מטרים, רוב אורכו המקורי של 488 מטרים מוסתר מתחת לאדמה. המנהרה מאפשרת גישה לשאר הכותל בכיוון צפוני. המנהרה מחוברת למספר חללים תת-קרקעיים חפורים סמוכים, שרבים מהם ניתן לבקר יחד עם המנהרה הראשית. מסיבה זו משתמשים לעיתים בצורת הרבים, מנהרות הכותל.

היסטוריה בשנת 19 לפנה"ס, המלך הורדוס יזם פרויקט להכפיל את שטח הר הבית בירושלים על ידי שילוב חלק מהגבעה בצפון-מערב. לשם כך נבנו ארבעה קירות תומכים, והר הבית הורחב על גביהם. קירות התומכים הללו נותרו עומדים, יחד עם הפלטפורמה עצמה, לאחר שהמקדש נהרס על ידי הרומאים בשנת 70 לספירה. מאז, חלק גדול מהאזור הסמוך לקירות כוסה ונבנה עליו. חלק מהכותל המערבי נותר חשוף לאחר חורבן המקדש. מכיוון שזה היה האזור הקרוב ביותר לקודש הקודשים של המקדש שנותר נגיש, הוא הפך למקום תפילה יהודי במשך אלפי שנים.

נתיב החפירה של מנהרת הכותל חוקרים בריטים החלו לחפור את הכותל המערבי באמצע המאה ה-19. צ'ארלס וילסון החל בחפירות בשנת 1864 ואחריו צ'ארלס וורן בשנים 1867–70. וילסון גילה קשת שכעת נקראת על שמו, "קשת וילסון", שהייתה ברוחב של 12.8 מטרים ונמצאת מעל פני הקרקע של היום. מאמינים שהקשת תמכה בגשר שחיבר את הר הבית לעיר בתקופת בית שני. וורן חפר פירים דרך קשת וילסון שעדיין נראים כיום. לאחר מלחמת ששת הימים, משרד הדתות של ישראל החל בחפירות שמטרתן לחשוף את המשך הכותל המערבי. החפירות נמשכו כמעט עשרים שנה וחשפו עובדות רבות שלא היו ידועות בעבר על ההיסטוריה והגיאוגרפיה של הר הבית. החפירות היו קשות לביצוע, שכן המנהרות עברו מתחת לשכונות מגורים שנבנו על גבי מבנים עתיקים מתקופת בית שני. החפירות בוצעו בפיקוח של מומחים מדעיים ורבניים. זאת כדי להבטיח את יציבות המבנים מעל ולמנוע נזק לממצאים ההיסטוריים. בשנת 1988 הוקמה הקרן למורשת הכותל המערבי, והיא לקחה על עצמה את החפירה, התחזוקה והשיפוצים של הכותל המערבי וכיכר הכותל.

המנהרה חושפת 300 מטרים מתוך 445 מטרים של הכותל, וחושפת את שיטות הבנייה והפעילויות השונות בסביבת הר הבית. החפירות כללו ממצאים ארכיאולוגיים רבים לאורך הדרך, כולל תגליות מהתקופה ההרודיאנית (רחובות, בנייה מונומנטלית), קטעים משחזור של הכותל המערבי המתוארכים לתקופה האומיית, ומבנים שונים המתוארכים לתקופות האיובית, הממלוכית והחשמונאית שנבנו לתמיכה במבנים בסביבת הר הבית.

"שער וורן" נמצא כ-150 רגל (46 מטרים) לתוך המנהרה. הכניסה החסומה הזו הייתה במשך מאות שנים בית כנסת קטן שנקרא "המערה", שבו המוסלמים הראשונים אפשרו ליהודים להתפלל בקרבה להריסות המקדש. הרב יהודה גץ בנה בית כנסת ממש מחוץ לשער, שכן כיום זהו הנקודה הקרובה ביותר שבה יהודי יכול להתפלל ליד קודש הקודשים, בהנחה שהוא היה ממוקם באתר המסורתי מתחת לכיפת הסלע.

מעבר לקצה הצפוני של הכותל המערבי נמצאו שרידים של תעלת מים שסיפקה במקור מים להר הבית. המקור המדויק של התעלה אינו ידוע, אם כי היא עוברת דרך בריכה תת-קרקעית הידועה בשם "בריכת סטרותיון". תעלת המים תוארכה לתקופה החשמונאית ולפיכך נקראה "תעלת החשמונאים".

האבן הגדולה ביותר בכותל המערבי, הנקראת לעיתים "אבן המערב", נחשפת גם היא בתוך המנהרה, ונחשבת לאחת מהחפצים הכבדים ביותר שהורמו אי פעם על ידי בני אדם ללא מכונות ממונעות. אורך האבן הוא 13.6 מטרים, גובהה 3 מטרים, ורוחבה מוערך בין 3.5 מטרים ל-4.5 מטרים; משקלה מוערך ב-570 טון קצר (520 טון מטרי).

סמוך למנהרה נמצאים שרידים מתקופת בית שני, הצלבנים והמבנים הממלוכים. בחדרים המשוחזרים, הקרן למורשת הכותל יצרה את מרכז שרשרת הדורות, מוזיאון להיסטוריה יהודית שעוצב על ידי אליאב נהלי וכולל מופע אור-קולי ותשעה פסלי זכוכית שנוצרו על ידי אמן הזכוכית ג'רמי לנגפורד.

בשנת 2007, רשות העתיקות של ישראל חשפה רחוב רומי עתיק שנחשב לשייך למאות השנייה עד הרביעית. זה היה רחוב צדדי שלככל הנראה חיבר בין שני כבישים ראשיים, והוביל להר הבית. גילוי הכביש סיפק עדות נוספת לכך שהרומאים המשיכו להשתמש בהר הבית לאחר חורבן המקדש בשנת 70 לספירה. החפירות באתר נמשכו עד שנת 2014, בהובלת הארכיאולוגים פיטר גנדלמן ואורטל חלף מטעם רשות העתיקות.

בריכת סטרותיון (לעיתים מתוארת כ"בריכות סטרותיון", ברבים), היא מאגר מים קובייתי גדול, שאסף את מי הגשמים מהמרזבים על מבני הפורום. לפני אדריאנוס, מאגר זה היה בריכה פתוחה, אך אדריאנוס הוסיף קמרונות קשתות כדי לאפשר את הנחת המדרכה מעליה. קיומה של הבריכה במאה הראשונה מתועד על ידי יוספוס, שמדווח שהיא נקראה "סטרותיוס" (דרור). בריכת סטרותיון זו נבנתה במקור כחלק מתעלת מים פתוחה על ידי החשמונאים, ומאז נסגרה; מקור המים לתעלה זו אינו מזוהה כיום.

כתוצאה מהרחבות שנעשו בשנת 1971 למנהרת הכותל המקורית, מערכת המים החשמונאית, שעוברת מתחת לשכונות ערביות, קושרה לקצה מנהרת הכותל, ונפתחה מאוחר יותר כאטרקציה תיירותית. המסלול עובר בקו ישר שמתחיל בכיכר הכותל ועובר דרך המנהרות המודרניות ומערכת המים העתיקה, ומסתיים בבריכת סטרותיון. אחיות ציון אינן מאפשרות לתיירים לצאת למנזר בבריכת סטרותיון, ולכן התיירים חוזרים דרך המנהרות הצרות לנקודת ההתחלה, אף שזה יוצר בעיות לוגיסטיות מסוימות.

במקור, המבקרים היו צריכים לחזור על עקבותיהם בחזרה לכניסה. חיבור למערכת המים החשמונאית נעשה, אך זה עדיין דרש מהם לבצע סיבוב פרסה לאחר שהגיעו לבריכת סטרותיון. הוצע לחפור יציאה חלופית מהמנהרה, אך בתחילה נדחתה על בסיס שכל יציאה תיראה כניסיון של הרשויות היהודיות לתבוע בעלות על הקרקע הסמוכה - חלק מהרובע המוסלמי של העיר. עם זאת, בשנת 1996, בנימין נתניהו אישר את יצירת היציאה המובילה לויה דולורוזה, מתחת למדרסה אומאריה. בשבועות הבאים, 80 אנשים נהרגו כתוצאה מהמהומות נגד יצירת היציאה. קיר מודרני מחלק את בריכת סטרותיון לשני חלקים, מונע גישה ביניהם. צד אחד נראה ממנהרות הכותל המערבי, והאזור השני נגיש ממנזר אחיות ציון. מאז, ניתן למספר גדול של תיירים להיכנס לכניסה הדרומית של המנהרה ליד הכותל המערבי, ללכת לאורך המנהרה עם מדריך טיולים, ולצאת מהקצה הצפוני. יציאה זו פתוחה רק בשעות היום, בשל חששות ביטחוניים מתמשכים.